MPI_Gatherv: создавать и собирать массивы переменного размера (MPI + C) - PullRequest
Новая
       40

MPI_Gatherv: создавать и собирать массивы переменного размера (MPI + C)

0 голосов
/ 24 мая 2018

Я новичок в MPI и пытаюсь параллельно управлять массивами разных размеров, а затем передать их в основной поток, но пока безуспешно.

Я узнал, что 

MPI_Gatherv(const void *sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype,
        void *recvbuf, const int *recvcounts, const int *displs,
        MPI_Datatype recvtype, int root, MPI_Comm comm)

- это путь в этом случае.

Вот мой пример кода, который не работает из-за проблем с памятью (я думаю). 

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <mpi.h>

int main (int argc, char *argv[]) {

MPI_Init(&argc, &argv);
int world_size,*sendarray;
int rank, *rbuf=NULL, count;
int *displs=NULL,i,*rcounts=NULL;

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);

if(rank==0){
    rbuf = malloc(10*sizeof(int));
    displs = malloc(world_size*sizeof(int));
    rcounts=malloc(world_size*sizeof(int));
    rcounts[0]=1;
    rcounts[1]=3;
    rcounts[2]=6;

    displs[0]=1;
    displs[1]=3;
    displs[2]=6;

    sendarray=malloc(1*sizeof(int));
    for(int i=0;i<1;i++)sendarray[i]=1;
    count=1;
}

if(rank==1){
    sendarray=malloc(3*sizeof(int));
    for(int i=0;i<3;i++)sendarray[i]=2;
    count=3;
}

if(rank==2){
    sendarray=malloc(6*sizeof(int));
    for(int i=0;i<6;i++)sendarray[i]=3;
    count=6;
}
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);


MPI_Gatherv(sendarray, count, MPI_INT, rbuf, rcounts,
            displs, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);

if(rank==0){
    int SIZE=10;
    for(int i=0;i<SIZE;i++)printf("(%d) %d ",i, rbuf[i]);

    free(rbuf);
    free(displs);
    free(rcounts);
}

if(rank!=0)free(sendarray);
MPI_Finalize();

}

В частности, когда язапустить его, я получаю

(0) 0 (1) 1 (2) 0 (3) 2 (4) 2 (5) 2 (6) 3 (7) 3 (8) 3(9) 3

Вместо чего-то подобного

(0) 1 (1) 2 (2) 2 (3) 2 (4) 3 (5)3 (6) 3 (7) 3 (8) 3 (9) 3

Почему это так?

Что еще интереснее, так это то, что недостающие элементы кажутсяхранится в 11-м и 12-м элементах rbuf, хотя предполагается, что они вообще не существуют на первом месте.

1 Ответ

0 голосов
/ 24 мая 2018

Ваша программа очень близка к работе.Если вы измените эти строки: 

displs[0]=1;
displs[1]=3;
displs[2]=6;

на это: 

displs[0]=0;
displs[1]=displs[0]+rcounts[0];
displs[2]=displs[1]+rcounts[1];

, вы получите ожидаемый результат.Переменная displs - это смещение в приемном буфере для размещения данных из процесса i.

...