Скажем, у вас есть источник приложения, и вы отлаживаете JAR через JMX. Как вы сообщите IntelliJ, где находится источник?
Вам просто нужен Java-модуль в вашем проекте, который ссылается на источники (и я подозреваю, что классы), а затем запускаете сеанс удаленной отладки на вашем сервере.