Если вы хотите сделать шаг дальше, чем ответ Александра Юнгберга, а также отсортировать разделы и содержание разделов, вы можете использовать следующее:
config = ConfigParser.ConfigParser({}, collections.OrderedDict)
config.read('testfile.ini')
# Order the content of each section alphabetically
for section in config._sections:
config._sections[section] = collections.OrderedDict(sorted(config._sections[section].items(), key=lambda t: t[0]))
# Order all sections alphabetically
config._sections = collections.OrderedDict(sorted(config._sections.items(), key=lambda t: t[0] ))
# Write ini file to standard output
config.write(sys.stdout)
При этом используются словари OrderdDict (для сохранения порядка) и сортируется прочитанный ini-файл извне ConfigParser путем перезаписи внутреннего словаря _sections.