На самом деле недостаточно информации о вашем проекте ... например, каков клиент?(SharePoint или приложение, внешнее по отношению к SharePoint) и т. Д.
Эта система будет включать множество транзакций и взаимосвязей
Из того, что вы предоставили, это звучит какЛучше всего выбрать внешнюю базу данных, а затем иметь приложение SharePoint или веб-часть, которая обращается к этим внешним данным.