После дальнейших обсуждений с коллегами я считаю, что расхождение между измеренными и ожидаемыми циклами составляет cpuidle : это подсистема в ядре Linux, которая переводит ядро ЦП в состояние с более низким энергопотреблением, когдаЯдро ничего не делает.Некоторые из самых низких состояний отключают часы, что, вероятно, приводит к тому, что счетчик циклов перестает увеличиваться.Эта статья дает хорошее описание cpuidle и его работы: https://lwn.net/Articles/384146/