Не могли бы вы подробнее рассказать о намерении загрузить весь конфиг из каждого приложения?IMO Django по умолчанию имеет возможность централизовать конфигурацию в одном конкретном главном приложении внутри проекта, и, конечно, его можно настроить, то есть вы можете сохранить конфигурацию вне проекта, например, используя env_vars.
TWITTER_SECRET = os.getenv('TWITTER_SECRET')
Некоторые справки могут помочь: Настройки Django Приложение с двенадцатью факторами