Создание настольного приложения на любом языке с поддержкой SDK хранилища файлов Azure.Внутри этого приложения создайте таймер для загрузки через API.
Если требуются настраиваемые параметры или взаимодействия с пользователем, я бы сказал, что нужно использовать настольное приложение.
В противном случае,и если ваши клиенты - ПК с Windows, лучшим способом было бы написать служба Windows , которая выполняет эту работу.