Вам нужен список для выбора столбцов.Попробуйте это:
agg_geo = pf2.groupby('A')[['B', 'C', 'D', 'F']]
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вам также необходимо выполнить какую-то операцию, например, count .Один групповой ничего не делает.
agg_geo = pf2.groupby('A').count()[['B', 'C', 'D', 'F']]