MSI кажется неподходящим инструментом для работы в этом случае. Основной причиной популярности MSI является то, что они позволяют легко устанавливать / удалять в одном пакете (среди многих других вещей).
Я бы предложил использовать простой пакет (или vbscript, или perl-скрипт, или любой другой), завернутый в самораспаковывающийся исполняемый файл. Таким образом, вы можете включить пользовательскую логику, все без накладных расходов MSI. Кроме того, вы не используете какие-либо функциональные возможности MSI, за исключением того, что он объединяет файлы в один файл.
Вы можете использовать платную программу, такую как WinZip Self-Extractor, или 7-zip (бесплатно) и приложение с графическим интерфейсом, которое кто-то написал для создания самораспаковывающихся EXE-файлов: 7-ZIP SFX MAKER
Ранее я использовал 7-zip sfx maker и могу подтвердить, что он работает очень хорошо.