Не должно быть необходимости удалять корневую учетную запись.Даже если вы не можете удалить ресурсы с помощью CloudFormation, вы сможете удалить их вручную в веб-консоли или с помощью интерфейса командной строки, а затем при повторном удалении стека CF он заметит, что ресурсы пропали и продолжают, очень немного ресурсов, которые можно перевести в состояние, в котором они не могут быть удалены с помощью ручных команд и непродолжительного ожидания.
Если вы не можете удалить ресурсы вручную (дажес правами root) что-то пошло не так с вашей учетной записью, и вам следует обратиться в службу технической поддержки AWS.
Чтобы ответить на поставленный вопрос, учетные записи AWS не имеют уникального ключа электронной почты;на самом деле вы можете изменить основной адрес электронной почты, поэтому вам, возможно, следует попытаться создать новую учетную запись и поменять адреса электронной почты перед удалением старого.