Есть несколько вариантов: вы можете использовать API плагина Firefox и разрабатывать там свое приложение. Вы можете использовать HTML, JavaScript, встроенную базу данных, все функции браузера и получить доступ к уровню ОС.
Или вы можете попробовать PyQt (Python и Qt), который позволяет очень быстро писать простые приложения.
[ПРАВИТЬ] Основная проблема, с которой вы сталкиваетесь, - это безопасность: по соображениям безопасности приложения JavaScript (работающие на HTML-странице) не могут получить доступ к ресурсам локальной ОС. Поэтому, если ваш браузер не позволяет вам писать плагины в JavaScript (что справедливо только для FF AFAIK), невозможно написать приложение, которое использует HTML как «представление», без помощи чего-то другого.
Более того, HTML очень ограничен, когда дело доходит до функций для приложений. HTML разработан, чтобы быть «статическим представлением документа», а не «приложением». Вы можете делать такие вещи, как GMail, но если вы сравните GMail с любым реальным почтовым приложением (Outlook, Thunderbird, Notes), вы быстро увидите, что реальные настольные приложения предлагают гораздо больше функций.