Я сохраняю экземпляр flatpickr
this.instance = flatpickr(this.$refs.input, this.options ? this.options : {})
, затем вызываю метод set для установки maxDate.
this.startDateInstance.set('maxDate', date_value)
Затем кажется, что он сбрасывает dateinput и имеет свою v-модельравно нулю.