Посмотрели ли вы свойства приложения Enterprise, чтобы определить, какое Azure AD является издателем для этого приложения?
Одной из возможных причин может быть то, что приложение является мультитенантным, а Azure AD - тем, что вы ищете.Это всего лишь арендатор, использующий приложение, а не приложение Azure AD, которое опубликовало приложение.
Регистрация приложения будет существовать только в публикуемом Azure AD.(вы можете обратиться к манифесту, если у вас есть соответствующие разрешения в публикации Azure AD)
Enterprise Application> Свойства (обратите внимание на Publisher )