По своей сути, FFmpeg - это сама программа, предназначенная для обработки видео- и аудиофайлов на основе командной строки, широко используемая для перекодирования форматов, базового редактирования (обрезки и объединения).
Следовательно, вы можете вызвать его, используя System.call
командную строку из вашего загрузочного приложения java Spring.
// Just one line and you are done !
// We have given a command to start cmd
// /K : Carries out command specified by string
Runtime.getRuntime().exec(new String[] {"cmd", "/K", "Start"});