IMO, вы слишком усложняете вещи, чтобы добавить имя без extenson просто Join-Path $TargetPath $_.BaseName
Чтобы уменьшить избыточность с такими же длинными путями, используйте переменную, которую вы уже определили.
$SourceFolder = "\\paculfs3\Deptfiles\SharedFiles\Compliance\Certification Creation"
$TargetFolder = "\\paculfs3\Deptfiles\SharedFiles\Compliance\Certification Creation"
Get-ChildItem -Path $SourceFolder -Filter *.xlsx | ForEach-Object {
$Destination = Join-Path -Path $TargetFolder -ChildPath $_.BaseName
New-Item -ItemType Directory -Path $Destination -Force | Out-Null
$_ | Copy-Item -Destination $Destination
Copy-Item -Path "$SourceFolder\Staging\Compliance Webinar Certificate Template (1).docx" -Destination $Destination -Force
Copy-Item -Path "$SourceFolder\Staging\Email Mail Merge for Certificates.docx" -Destination $Destination -Force
Copy-Item -Path "$SourceFolder\Staging\Manual Attendee Info List.xlsx" -Destination $Destination -Force
}