Вы можете использовать X509Certificate2 для загрузки сертификата, IE:
var cert = new X509Certificate2(@"C:\path\to\key.der");
var publicKey = cert.GetRSAPublicKey();
var privateKey = cert.GetRSAPrivateKey();
Чтобы фактически зашифровать / расшифровать данные, вы должны сделать что-то похожее на следующее в зависимости от спецификаций
var plaintext = Encoding.UTF8.GetBytes("Some Secret");
var encrypted = publicKey.Encrypt(plaintext, RSAEncryptionPadding.OaepSHA256);
var decrypted = privateKey.Decrypt(encrypted, RSAEncryptionPadding.OaepSHA256);
Console.WriteLine(Encoding.UTF8.GetString(decrypted));