Из-за накладных расходов приложение .NET понесет снижение производительности по сравнению с неуправляемым приложением. Однако, поскольку эти издержки более или менее являются постоянной величиной, не связанной с общим размером приложения ( ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: чрезмерное упрощение ), они становятся относительно менее штрафными, чем больше приложение.
Так что я бы пошел с .NET (при условии, что он предоставляет вам необходимые библиотеки). Управление памятью - это боль, и вам нужно много делать, чтобы преуспеть в этом. В .NET выберите любой язык, который вам удобнее, если это не J # или VB.NET, а C #.