Вот рабочий код для CodeIgniter, надеюсь, это поможет
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteRule ^(.*)$ https://www.%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [L,R=301]
RewriteCond %{HTTPS} off
RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [L,R=301]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
</IfModule>
Также из config.php, который находится в папке конфигурации приложения, вы должны удалить index.php и установить его пустым
$config['index_page'] = '';