Скорее всего, это происходит потому, что терминал Atom ожидает кодировку, в то время как python кодирует этот html в другую кодировку.Используете ли вы Atom в Windows?
Чтобы решить эту проблему, попробуйте либо настроить терминал Atom для кодирования вашей системы, либо кодировать html в utf8:
from urllib.request import urlopen
html = urlopen("https://morvanzhou.github.io/static/scraping/basic-structure.html").read().decode('utf-8')
print(html.encode('utf-8'))