вы можете инициализировать массив, используя
ParseTree.class.getMethods().lenght
как начальная емкость:
double[] buf = new double[ ParseTree.class.getMethods().lenght ];
или лучше
DoubleBuffer buf = DoubleBuffer.allocate([ ParseTree.class.getMethods().lenght);
это может привести к потере памяти, но это безопасное решение, оно зависит от того, сколько раз попадет в цикл внутри.
если вы предпочитаете, вы можете посчитать, сколько методов аннотировано заранее, а затем выделить точный размер для массива