Вам понадобится алгоритм симметричного шифрования, такой как AES.Оказывается, есть неплохая реализация JavaScript в составе Forge.
https://github.com/digitalbazaar/forge#aes
Вы захотите использовать режим CBC для шифрования полезной нагрузки и отправки ее на свой сервер..
Если вы не можете сохранить это в текстовом файле, вам придется кодировать base64 эти двоичные данные. Сделайте это на стороне сервера. Код вашего клиента не должен знать или заботиться о том, как ваш сервер на самом деле хранит данные.Кроме того, вы сэкономите 33% полосы пропускания и немного клиентского ЦП.
В качестве бонуса к base64-кодированию вы сможете разделять строки в текстовом файле.
Когда вы возвращаете данные своему клиенту, вы должны декодировать base64 и отправлять им двоичные зашифрованные данные.Затем клиент расшифрует его, используя ключ, который знает только он.