Если я правильно вас понял, у вас есть большое дерево каталогов, и вы хотите, чтобы все файлы внутри него были в одном каталоге. Если это правильно, я могу сделать это в две строки:
dir /s /b "yourSourceDirectoryTreeHere" > filelist.txt
for /f %f in (filelist.txt) do @copy %f "yourDestinationDirHere"
В командном файле вместо командной строки измените% f на %% f