В вашем LocalSettings.php установите $wgFavicon на путь к файлу favicon, т.е.будет работать, потому что $wgFavicon по умолчанию /favicon.ico.
Они будут работать, только если у вас есть прямой доступ к серверу, поэтому вы не можете сделать это из интерфейса MediaWiki.