Я бы просто проверил, была ли уже широта (или долгота), добавив -if "not $GPSLatitude" к вашей команде.
Измените двойные кавычки на одинарные, если вы используете Mac / Linux.
Другой вариант - вместо этого добавить -wm cg.Это означает, что exiftool не будет пытаться перезаписать теги, в которых уже есть данные.