Этот механизм не контролируется реестром.
То, что делает IE, это добавляет поток NTFS к загруженным файлам, указывая, из какой зоны он был загружен.
Например, я только что скачал notepad ++ и выполнил следующую команду, чтобы показать альтернативный поток:
c:\Downloads>more <npp.5.4.5.installer.exe:Zone.Identifier
Который вывел:
[ZoneTransfer]
ZoneId=3
Проводник Windows / ShellExecute использует этот альтернативный поток в качестве средства для запуска «небезопасного» предупреждения.