Я предполагаю, что ваши объекты LINQ находятся в другом проекте? И что вы ссылаетесь на этот проект в коде, который в конечном итоге вызывает SubmitChanges? Вполне возможно, что код использует ранее созданную версию зависимости проекта, и, следовательно, версию без ваших изменений. Если вы щелкнете правой кнопкой мыши по исполняемому проекту в обозревателе решений и выберите «Зависимости проекта», убедитесь, что в этом списке отмечен зависимый проект LINQ. Аналогично, на второй вкладке окна зависимостей находится Build Order. Ваш проект LINQ должен быть построен до проекта, который зависит от его использования.
РЕДАКТИРОВАТЬ: я видел эту проблему в прошлом, когда эталонный проект LINQ был ссылкой по DLL, а не "по проекту". Вы можете удалить ссылку, а затем повторно добавить ее, убедившись, что вы делаете это на вкладке "проекты".