Тип данных объекта таблицы должен быть блоб
CREATE TABLE `media`( `id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT, `content` BLOB, PRIMARY KEY (`id`) );
Например:
$uploaddir = '/var/www/uploads/';
$uploadfile = $uploaddir . basename($_FILES['userfile']['name']);
if(move_uploaded_file($_FILES['userfile']['tmp_name'], $uploadfile)) {
$fileContent = file_get_contents($uploadfile);
$query = "INSERT INTO `media` (content) VALUES ("$fileContent");
}