Приложения WPF являются производными от базового класса System.Windows.Application.Базовый шаблон, который использует VS, создает App.xaml и App.xaml.cs.Этот класс имеет статическую точку входа
public static void Main()
Это то, что я использую:
var type = yourloadedassembly.GetType( "YourNamespace.App" );
type.InvokeMember( "Main", BindingFlags::Public | BindingFlags::Static | BindingFlags::InvokeMethod, null, null, null );