Я предполагаю, что ваши maskCoords - это 3d-координаты в вашем 3d-массиве с моим ответом, поскольку, как и в комментариях к вашему вопросу, трудно точно сказать, что вы имеете в виду.
Вот подход.
mask3d = np.zeros((512, 512, 485))
# Create random coordinates
maskCoords = (np.random.random((200, 130, 131)) * 400).astype('int')
# Convert the coordinates to be converted by numpy.ravel_multi_index
maskCoords2 = np.hstack((maskCoords[:, :, 0].flatten()[:, None], maskCoords[:, :, 1].flatten()[:, None], maskCoords[:, :, 2].flatten()[:, None])).T
# Convert the coordinates into indices so we can access the locations in the original array
inds = np.ravel_multi_index(maskCoords2, [512, 512, 485])
# Set the array values at the locations of the indices to 1
mask3d.flat[inds] = 1
Возможно, это не то, что вы ищете, но я все равно что-то пробую.