2 Дендрограммы + Тепловая карта из конденсированной корреляционной матрицы со Сципионом

Question

Я пытаюсь создать что-то вроде этого: Отображение результатов иерархической кластеризации поверх матрицы данных в python

К сожалению, когда я пытаюсь выполнить код, я получаю следующие предупреждения:

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 15
    Y = sch.linkage(D, method='centroid')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 22
    Y = sch.linkage(D, method='single')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

Кроме того, открывается небольшое окно, но вылетает ...

Answer 1

В коде, с которым вы связались, возникла проблема: он передает матрицу квадратного расстояния в linkage.Первый аргумент linkage был частым источником путаницы, поэтому в последних версиях scipy код генерирует предупреждение, если передается нечто, похожее на матрицу квадратного расстояния.

Вы получитеизменить код, чтобы не передавать квадратную матрицу расстояний на linkage.Если у вас уже есть такая матрица, вы можете преобразовать ее в сжатую форму, ожидаемую как linkage с помощью функции scipy.spatial.distance.squareform.

Чтобы избежать дальнейших недоразумений, я обновил кодв связанном ответе, чтобы передать сжатую матрицу расстояний в linkage.