Цикл по фреймам данных и построение графиков

Question

Я работаю в RStudio, пытаюсь составить несколько простых графиков и корреляций.Вероятно, это очень простое исправление, но я не могу просмотреть свои файлы и создать графики.Ниже приведены файлы, циклы и пример фрейма данных

> ls()
 [1] "let-7b-5p"     "let_7a_5p"     "miR_125b_5p"   "miR_16_5p"    "miR_182_5p"    "miR_21_5p"    "miR_30e_5p"    "miR_320c_2_3p" "miR_92a_1_3p"  "miR_92b_3p"
[10]  "rRNA-45S"      "tRNA_3p_1"    "tRNA_5p_2"    
> files <- ls()
> for(i in files){
+   plt <- ggplot(`i`, aes_string(x="Five", y = "Three")) +
+       geom_point(shape=16) +
+       geom_smooth(method=lm) 
+   print(plt)
+   pearson <- cor.test(`i`$Five, `i`[, "Three"], method = "pearson", conf.level = 0.95)
+   print(pearson)
+ }
Error: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not a character vector
> print(`let-7b-5p`)
       Five        Three       One
A      14.06       13.14       13.62
B      14.45       14.64       14.21
C       7.84       10.23        8.05
D      12.84       13.13       13.07
E      16.55       15.97       16.01
F      12.92       12.02       12.37

Я понимаю, что он видит "файлы" как символьный вектор, но я не уверен, почему это проблема при передаче в цикл.

Answer 1

Передача строки в виде символьного вектора, когда функция (ggplot здесь) хочет, чтобы data.frame не работала в цикле по той же причине, по которой она не будет работать вне цикла ... R не делаетНе знаю, чтобы получить объект с именем из глобальной среды.

Я бы предложил (аналогично комментарию @ patL) извлечь объект и запустить цикл:

for(i in files){
  dat <- get(i) # new line
  plt <- ggplot(dat, aes_string(x="Five", y = "Three")) + 
  ...
}

Следует отметить, что ls() вернет символьный вектор всех объектовв среде, независимо от их класса, поэтому, если у вас есть что-то еще, вы можете столкнуться с проблемами там.Судя по всему, вы можете использовать аргумент pattern для ls(), чтобы гарантировать, что вы по крайней мере вернете вектор имен объектов, соответствующих определенным шаблонам.