С этим дизайном вы должны получить две банки, по одной для каждого проекта.Затем вы можете запустить оба jar-файла.
Если вам нужен один jar-файл, создайте один проект вместо двух и запустите основные классы, используя: -
java -cp /path/to/jar/myJar.jar com.name.example.Main1
java -cp /path/to/jar/myJar.jar com.name.example.Main2