Разделяйте каталоги с пробелами, а не с :
java -jar <path_to_jar>/dokka-fatjar-0.9.17.jar /<absolute_path1>/src /<absolute_path2>/src -output docs -classpath <class_path>
Это приведет к созданию единой документации со смешанными источниками из обоих каталогов.
Чтобы создать отдельную документацию для каждого из модулей, используйте
java -jar <path_to_jar>/dokka-fatjar-0.9.17.jar /<absolute_path1>/src -output docs -classpath <class_path_for_module1> -module module1
А затем для модуля 2, который зависит от модуля 1:
java -jar <path_to_jar>/dokka-fatjar-0.9.17.jar /<absolute_path2>/src -output docs -classpath <class_path_for_module2> -module module2 -links <deploy_url>^file://./docs/module1/package-list
Предположим, что <class_path_for_module2>
содержит выходные данные компиляции модуля 1 + <class_path_for_module1>