ОШИБКА: Вызывается singularity_config_get_value в неинициализированной подсистеме конфигурации при сборке контейнера Singularity. - PullRequest
Новая
       7

ОШИБКА: Вызывается singularity_config_get_value в неинициализированной подсистеме конфигурации при сборке контейнера Singularity.

0 голосов
/ 26 мая 2018

Я попытался построить контейнер для сингулярности из Singularity Hub как таковой:

sudo singularity pull shub://marcc-hpc/pytorch

И я получил ERROR : Called singularity_config_get_value on uninitialized config subsystem.

Итак, я скопировал, вставил рецепт в файл с именем 'recipe' и выполнил

sudo singularity build --sandbox myimage recipe

Он навсегда завис на 33,3%, как показано здесь: 

Using container recipe deffile: recipe
Sanitizing environment
Adding base Singularity environment to container
tar: ./.exec: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.run: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.shell: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions/exec: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions/run: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions/shell: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions/start: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions/test: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/actions: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/env/01-base.sh: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/env/90-environment.sh: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/env/95-apps.sh: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/env/99-base.sh: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/env: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/libs: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/runscript: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d/startscript: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.singularity.d: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./.test: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./dev: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./environment: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./etc/hosts: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./etc/resolv.conf: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./etc: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./home: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./proc: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./root: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./singularity: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./sys: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./tmp: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./var/tmp: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: ./var: implausibly old time stamp -9223372036854775808
tar: .: implausibly old time stamp -9223372036854775808
Docker image path: index.docker.io/marcchpc/pytorch_cuda9:latest
Cache folder set to /root/.singularity/docker
[7/21] |===========|-----------------------|  33.3%

Затем я решил, что попытаюсь просто получить контейнер hello world:

singularity pull --name meatballs.img shub://vsoch/hello-world

... и получил то же сообщение об ошибке.

Кто-нибудь знает, что означает эта ошибка, и почему я не могу запустить ее?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 14 июня 2019

Я нашел решение: используемая версия Singularity слишком старая!

Я получил эту версию, которая слишком старая: 

$ singularity --version
2.4.2-dist

Скачать этот скрипт с содержанием: 

#!/bin/bash
VERSION=2.5.2
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz
tar xvf singularity-$VERSION.tar.gz
cd singularity-$VERSION
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

вызывая его: 

sudo ./install_singularity

, чтобы добраться до v2.5.2 

$ singularity --version
2.5.2-dist

и все работает, как ожидалось.

0 голосов
/ 14 июня 2019

Та же проблема здесь.Я замечаю, что если я запускаю 

sudo singularity build hello_world.simg shub://singularityhub/ubuntu

на Travis (см. log ), все работает как положено: 

Cache folder set to /root/.singularity/shub
Progress |===================================| 100.0% 
Building from local image: /root/.singularity/shub/singularityhub-ubuntu-master-latest.simg
Building Singularity image...
Singularity container built: hello_world.simg
Cleaning up...

Локальный запуск, однако приводит к другому поведению: 

richel@sonic:~/GitHubs/singularity_example_1$ sudo singularity build hello_world.simg shub://singularityhub/ubuntu
[sudo] password for richel: 
Cache folder set to /root/.singularity/shub
Progress |===================================| 100.0% 
ERROR  : Called singularity_config_get_value on uninitialized config subsystem
ABORT  : Retval = 255
ERROR: Unsupported file type: /root/.singularity/shub/singularityhub-ubuntu-master-latest.simg
Cleaning up...

Я знаю версии между одной на Travis (2.5.2-HEAD.ddf3e31) и на моем локальном компьютере (2.4.2-dist), но я думаю, что это не должно быть проблемой [править: я ошибся, см. Ответ] .

Надеюсь, это поможет найти решение.

ОС: 

richel@sonic:~/GitHubs/singularity_example_1$ cat /etc/os-release 
NAME="Ubuntu"
VERSION="18.04.2 LTS (Bionic Beaver)"
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
PRETTY_NAME="Ubuntu 18.04.2 LTS"
VERSION_ID="18.04"
HOME_URL="https://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/"
PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy"
VERSION_CODENAME=bionic
UBUNTU_CODENAME=bionic
...