Кластеризует ли MySQL ALTER TABLE ADD PRIMARY KEY также данные или мне нужно создать таблицу с нуля с первичным ключом, чтобы получить кластеризацию?
Зависит от двигателя. MyISAM не делает этого, но InnoDB делает. Если вы используете MyISAM, вы можете кластеризовать таблицу, используя синтаксис ALTER TABLE ORDER BY .