Если вам нужно увидеть, как GUI работает в вашем веб-приложении, апплет просмотра VNC - это то, что вам нужно.
Если вы хотите предоставить веб-форму и манипулировать своим графическим интерфейсом за кулисами, воспользуйтесь средствами автоматизации Windows в своей любимой поисковой системе. Они имеют мощные скриптовые языки, которые позволят вам создавать сложные (при необходимости) процедуры. Вы можете вызвать многие из них из командной строки и передать скрипт для выполнения. Если бы вы делали это с PHP, вы могли бы даже сгенерировать скрипт как временный файл и передать его макропроцессору.
Возможно, вы сможете получить то, что вам нужно, от Windows Script Host (WSH), который похож на сценарии пакетного файла, но имеет больше возможностей.