Это не относится к pywinauto.Просто используйте subprocess.check_output(...)
.
output = subprocess.check_output("<your command>")
print(output)
Передача stdout в реальном времени от дочернего процесса к родительскому процессу не легко реализуема.Почему бы не использовать скрипт импорта в качестве модуля и вызвать выделенную функцию?Один процесс, один стандартный вывод - его гораздо проще поддерживать.