Поддержка пользовательского интерфейса для проектов ClickOnce, а не проектов MSI. Единственное обновление VDPROJ - поддержка логики обнаружения .NET 4.0.
VDRPOJ - куча удобрений, и я бы никому не рекомендовал ее использовать. Это только на жизнеобеспечении, пока VS не может официально переключиться на WiX.