Это невозможно по замыслу.Ваш сервер может просто обслуживать файл .WAR.Если сервер не настроен на разархивирование, ваш сервер должен будет прочитать все файлы непосредственно из этого архива.Теперь вы можете догадаться, что вы не можете писать в этом месте.
Вам потребуется создать какой-то рабочий каталог, а также обслуживать файлы оттуда.Вы всегда можете использовать этот каталог в качестве рабочего каталога:
File workingDir = (File)servletContext.getAttribute(ServletContext.TEMPDIR);