Как извлечь патристические расстояния из дендропии phylogenetic_distance_matrix

Question

Я создал копенетическую матрицу расстояний в дендропии, используя:

from dendropy.simulate import treesim
tree = treesim.birth_death_tree(birth_rate=1.0, death_rate=0.5, ntax=10)
pdm = tree.phylogenetic_distance_matrix()

Однако, прочитав документацию и попробовав много вещей, я не могу извлечь фактическую матрицу в пригодном для использования виде из объекта "pdm"

Примечание: есть метод as_data_table с этим классом, который я также не могу понять

Answer 1

as_data_table() возвращает объект типа dendropy.utility.container.DataTable.DataTable - это пользовательский контейнерный класс, который реализует множество полезных методов, которые вы можете использовать для получения ваших данных.Вы можете прочитать источник здесь, чтобы понять его:

https://dendropy.org/_modules/dendropy/utility/container.html

Вы можете очень быстро увидеть данные в формате, который вы можете понять, посмотрев на переменную _data:

from dendropy.simulate import treesim
import pprint


tree = treesim.birth_death_tree(birth_rate=1.0, death_rate=0.5, ntax=10)
pdm = tree.phylogenetic_distance_matrix()

pp = pprint.PrettyPrinter(depth=2)
pp.pprint(pdm.as_data_table()._data)

Выходы:

{'T1': {'T1': 0.0,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.8146189808922477,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 0.5848837844916799,
        'T7': 0,
        'T8': 1.6307174196094565,
        'T9': 1.8146189808922477},
 'T10': {'T1': 1.832709865628535,
         'T10': 0.0,
         'T2': 2.2418431376329204,
         'T3': 1.832709865628535,
         'T4': 0.8434862029618123,
         'T5': 1.215095937098336,
         'T6': 1.832709865628535,
         'T7': 1.832709865628535,
         'T8': 1.832709865628535,
         'T9': 1.832709865628535},
 'T2': {'T1': 2.2418431376329204,
        'T10': 2.2418431376329204,
        'T2': 0.0,
        'T3': 2.2418431376329204,
        'T4': 2.2418431376329204,
        'T5': 2.2418431376329204,
        'T6': 2.2418431376329204,
        'T7': 2.2418431376329204,
        'T8': 2.2418431376329204,
        'T9': 2.2418431376329204},
 'T3': {'T1': 1.8146189808922477,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 0.0,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 1.8146189808922477,
        'T7': 1.8146189808922477,
        'T8': 1.8146189808922477,
        'T9': 1.4811625503429378},
 'T4': {'T1': 1.832709865628535,
        'T10': 0.8434862029618123,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.832709865628535,
        'T4': 0.0,
        'T5': 1.215095937098336,
        'T6': 1.832709865628535,
        'T7': 1.832709865628535,
        'T8': 1.832709865628535,
        'T9': 1.832709865628535},
 'T5': {'T1': 1.832709865628535,
        'T10': 1.215095937098336,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.832709865628535,
        'T4': 1.215095937098336,
        'T5': 0.0,
        'T6': 1.832709865628535,
        'T7': 1.832709865628535,
        'T8': 1.832709865628535,
        'T9': 1.832709865628535},
 'T6': {'T1': 0.5848837844916799,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.8146189808922477,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 0.0,
        'T7': 0.5848837844916799,
        'T8': 1.6307174196094565,
        'T9': 1.8146189808922477},
 'T7': {'T1': 0,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.8146189808922477,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 0.5848837844916799,
        'T7': 0.0,
        'T8': 1.6307174196094565,
        'T9': 1.8146189808922477},
 'T8': {'T1': 1.6307174196094565,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.8146189808922477,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 1.6307174196094565,
        'T7': 1.6307174196094565,
        'T8': 0.0,
        'T9': 1.8146189808922477},
 'T9': {'T1': 1.8146189808922477,
        'T10': 1.832709865628535,
        'T2': 2.2418431376329204,
        'T3': 1.4811625503429378,
        'T4': 1.832709865628535,
        'T5': 1.832709865628535,
        'T6': 1.8146189808922477,
        'T7': 1.8146189808922477,
        'T8': 1.8146189808922477,
        'T9': 0.0}}