Подписи используются для проверки подлинности того, что файл PDF является исходным неизмененным файлом.
Когда вы объединяете файлы, вы изменяете их, поэтому они больше не являются оригиналами, и, следовательно, подпись недействительна, так какэто должно быть.
Вы должны удалить подписи, чтобы предотвратить предупреждение, и оставить объединенный PDF без знака.
Обзор изменений, разрешенных для подписанного документа, см. этот ответ .