Предполагается, что ваш логический массив выглядит следующим образом:
arr = np.array([True, False, True, False, True, False])
Использование loc
:
df.loc[arr, ['x', 'y']] = np.nan
coords x y likelihood
0 0 NaN NaN 3.890000e-07
1 1 319.946460 191.035224 2.360000e-07
2 2 NaN NaN 2.740000e-07
3 3 320.286005 190.843329 2.170000e-07
4 4 NaN NaN 2.490000e-07
5 5 320.212529 190.867178 2.310000e-07