Вы можете установить порт в Терминале (я тестировал в Ubuntu 14 LTS)
Например,
терминал : установить новую переменную среды пользователя, а не постоянно
export PORT=7070
app.js : чтение новой переменной среды из приложения узла
console.log(process.env.PORT)
терминал : запустите приложение узла и получите значение
$ node app.js
7070