Хорошо, оказалось, что на тестовой машине не был установлен SSIS.Путаница заключается в том, что существуют другие задания, использующие SSIS под агентом сервера SQL, которые успешно выполняются в тесте, но только это с объединением слиянием завершается неудачей.
Мой вывод заключается в том, что пакеты будут работать под агентом заданий SQL, которые просты без тяжелой работы на компьютере, на котором не установлен SSIS, но для того, чтобы пакет запускал объединение слиянием или объекты "не слишком прямые", SSIS должен быть установлен для запуска пакета.