В вашем методе webViewDidFinishLoad вам нужно вызвать что-то вроде
NSString * result = [myWebView stringByEvaluatingJavaScriptFromString:@"document.title"];
Затем вы установите заголовок контроллера навигации:
self.navigationItem.title=result;
Если я не пропустил что-то из вашего описания проблемы, это должно сработать.