Предположим следующий случай: я получил матрицу смежности двухрежимной сети, в которой одно измерение представляет некоторые элементы (сообщения), а другие теги встречаются под каждым элементом.Теперь я хочу свернуть эту сеть с двумя режимами, чтобы получить сеть с одним режимом отношений элемент-к-элементу, где значение каждой ссылки представляет количество общих тегов обоих элементов.Это может быть достигнуто с помощью простого умножения матрицы следующим образом:
или в коде:
from scipy.sparse import csr_matrix, save_npz, load_npz
# load matrix
tpm = csr_matrix(load_npz('tag_post_matrix.npz'))
# compute dot product
cn = tpm.transpose().dot(tpm)
# save result
save_npz('content_network_abs.npz', cn)
, который вызывает этоошибка после запуска в течение некоторого времени:
---------------------------------------------------------------------------
MemoryError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-27-10ff98c2505a> in <module>()
----> 1 cn = tpm.transpose().dot(tpm)
2 save_npz(expand('content_network_abs.npz'), cn)
3
/opt/anaconda/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/base.py in dot(self, other)
359
360 """
--> 361 return self * other
362
363 def power(self, n, dtype=None):
/opt/anaconda/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/base.py in __mul__(self, other)
477 if self.shape[1] != other.shape[0]:
478 raise ValueError('dimension mismatch')
--> 479 return self._mul_sparse_matrix(other)
480
481 # If it's a list or whatever, treat it like a matrix
/opt/anaconda/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/compressed.py in _mul_sparse_matrix(self, other)
500 maxval=nnz)
501 indptr = np.asarray(indptr, dtype=idx_dtype)
--> 502 indices = np.empty(nnz, dtype=idx_dtype)
503 data = np.empty(nnz, dtype=upcast(self.dtype, other.dtype))
504
MemoryError:
Я контролировал ОЗУ во время выполнения без каких-либо исключительных наблюдений (у меня достаточно памяти: ~ 1 ТБ).
Исходная матрица имеет ~ 24000000 ненулевых значенийзаписей (очень разреженных), и я ожидаю, что результирующая матрица тоже будет довольно разреженной.
Есть ли у меня общее недопонимание по теме или в коде есть ошибка?
Спасибозаранее!