Файл в папке проекта - это ваш общий файл lint TS, который применяется глобально.
Файл в папке src - это файл lint TS конкретного проекта, который расширяет другой, позволяя настроить TS lint.настройки для конкретного проекта.
Помните, что с Angular вы можете иметь несколько проектов , и вам может потребоваться немного другие настройки TS lint для этих проектов.
Если у вас есть толькоодин проект, я думаю, что довольно безопасно удалить файл TS lint в папке src.В проекте, над которым я работаю, мы, кажется, сделали именно это.