Я обычно проверяю, прежде чем отправлять, но я буду отправлять вслепую здесь.
Я считаю, что нужно проверить, как вы передаете данные на флотацию. Я думаю, что ваш вызов на плоттер Flot должен выглядеть следующим образом (учитывая, как вы называете переменные):
$.plot($("#placeholder"), data.data, options);
Это из-за того, как работает JSON.
Во-вторых, я думаю, что flot ожидает двухмерный массив, а не трехмерный. Ваш JSON-объект состоит из массива из 2-х элементных массивов в другом массиве. Если вы можете, пусть ваш сервер возвращает только 2-й массив. В противном случае вы можете попробовать:
$.plot($("#placeholder"), data.data[0], options);