Если я правильно вас понимаю, ваша подпись веб-метода:
public List<GlobaleType> doSomething(args)
Тогда ваш wsdl генерируется правильно. Пока ось apache знает, что SpecialType расширяет GlobalType, окончательный тип может быть отправлен через веб-сервис, и полиморфизм будет передан от веб-службы клиенту.
Используете ли вы веб-сервис JAX-WS? Затем убедитесь, что вы используете аннотацию @XmlSeeAlso для базового типа.