Как насчет того, чтобы вы вызывали свою функцию, а затем вызывали setTimeout внутри вашей функции через 5 секунд, чтобы изменить отображение на «none», например:
function popUp() {
// Do some Thing
// SetTimeout to change display to none
setTimeout(function () {
document.getElementById('div-id').style.display = "none";
}, 5000);
});
popUp();